两者干燥原理不同：鼓风干燥箱则利用箱体鼓风循环带动热空气流动达到干燥目的，真空干燥箱是利用抽真空的原理从而达到物品干燥。
真空干燥箱的真空环境大大降低了需要驱逐的液体的沸点，所以真空干燥可以轻松应用于热敏性物质；对于不容易干燥的样品，例如粉末或其他颗粒状样品，使用真空干燥法可以有效缩短干燥时间；各种构造复杂的机械部件或其他多孔样品经过清洗后使用真空干燥法，完全干燥后不留任何参与物质；使用更安全：在真空或惰性条件下，完全消除氧化物遇热爆炸的可能；与依靠空气循环的普通干燥箱相比，粉末状样品不会被流动空气吹动或移动，若您的样品是以上几种可以选择真空干燥箱，除此以外的普通样品可以选择鼓风干燥箱。